大致上，约翰毫无疑问留下了一个比他刚继位时好得多的帝国。当他去世时已经有大量的领土被光复，并且他使收复安纳托利亚中部以及重建幼发拉底河防线的目标成为可能。然而，安娜托利亚内陆地区的希腊人却日益习惯于突厥人的统治并且发现其比拜占庭时期要更好。让安纳托利亚中部的突厥人、塞尔维亚人乃至黎凡特的十字军国家屈服并承认帝国宗主权相对容易，但如何将这附庸关系转化为对帝国安全的坚实保障却非常棘手。这些问题最终都遗留给了他聪慧机敏的儿子曼努埃尔去试图解决。
家庭
约翰二世·科穆宁在1104年迎娶了匈牙利国王拉迪斯劳的女儿皮罗什卡公主(后改名伊琳娜);这次联姻的目的是为了弥补匈牙利国王科洛曼时所失去的领土。伊琳娜在政治上基本上没有影响，她非常虔诚并且养育了一大家的孩子。伊琳娜去世于1134年8月13日她在不久后便被尊奉为圣伊琳娜。约翰二世与伊琳娜共育有八个子女:
阿莱克修斯·科穆宁(AlexiosKomnenos)，自1122to1142成为共治皇帝
玛利亚·科穆宁娜(MariaKomnene)，阿莱克修斯的双胞胎姐姐，嫁给了JerDassenos
安德洛尼卡·科穆宁(AndronikosKomnenos)，卒于1142年
安娜·科穆宁娜(AnnaKomnene)，嫁给了StephenKontostephanos
伊萨克·科穆宁(Isaanenos)，卒于1154年
狄奥多拉·科穆宁娜(TheodoraKomnene)，嫁给了Manuenemas
尤多西亚·科穆宁娜(EudokiaKomnene)，嫁给了TheodoreVatatzes
曼努埃尔一世，皇帝
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