而六扇门隶属于刑部，专责反贪，并打击一些大型的组织犯罪等。
而飞骑，隶属皇帝掌握，专责监视。
三个情报机又相互平衡，相互监察。
飞骑隶属于皇帝，但为了防止皇帝滥用其权，因此也将飞骑受御史台约束，他们有侦揖刺探大权，但要拿人，得由御史台签字授权。然后他们负责抓到人，但不能自己审讯，得交给大理寺审讯，审理后他们的犯人关押在御史台的诏狱。
这些重重限制，虽然比较麻烦。
但张超认为很有必要给它们的权力套上一个笼头，否则明朝的厂卫可就是前车之鉴了。
说来三个机构也有共同的特点，就是他们都是情报机构。
刑部当然也有专门调查犯罪的，可六扇门的组织模式不一般。枢密院当然也有情报侦的，可他们的人也基本上是过去暗影的人。原来兵部的职司方，这方面的间谍等不论数量还是质量都不足。
三大机构办事的主要方式还是侦察。
可以说，由于其职能的特殊性质，锦衣卫主要对外情报侦察，而六扇门和飞骑主要对内监视和反贪。
虽然六扇门和飞骑也要受限于刑部和御史台，但他们又是半独立的，他们并不完全听令于朝廷机构，这是很大程度上受皇帝掌握的组织。
对于稳固皇权是有帮助的。
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