为了适应战争需要，曾到德国学习和研究细菌武器，回国后极力鼓吹细菌战。
1933年，石井来到朝鲜朝鲜，组建了进行细菌战的“细菌实验所”，又称“石井部队”。
1935到1936年间，在石井部队的基础上，在釜山以南20公里的平房镇组建了“关东军防疫给水部”，又称731部队；在汉城市以北10公里的南平道组建了“关东军兽疫预防部”，又称100部队。
这两支细菌部队以活人代替动物进行试验，专门培植、制造鼠疫、霍乱、坏疽、伤寒、结核、破伤风、鼻疽、牛瘟等疫病细菌。
为了建设731工程，动用了朝鲜3000多名劳工。
工程竣工之时，为了掩盖其罪恶勾当，将全部劳工秘密杀害。
为做试验死在这两个部队的朝鲜人、蒙古人、美国人、朝鲜人和苏联人不计其数。
仅在731部队这个秘密魔窟，1942年11月到1945年8月的近3年时间，就有三四千人在试验中丧生，死后即被投入炼人炉。
石井把抓来的人统统称为“原木”，进行编号。
以他们进行的试验名目繁多，手段极其残忍。
有的是把细菌液注入人体，推进透明的隔离室里，在外面观察“原木”病变情形；有的是让“原木”饮用染菌水和口服染菌食物，然后观察他们的病变情景。
还进行毒气试验，冻伤治疗试验，真空环境试验，及活人解剖。
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