此前日军的运输船只都是单独航行的，尚未组织护航运输队。后来，由于船只的损失增大，便采取有限的护航措施。后来才组建第一护航舰队。司令部设在当时的菲律宾。其任务是为在东海船只担任护航，后来把护航范围扩大到靠近的马尼拉、西贡和新加坡。
日军护航运输队的编成较小，一般由6-10艘船只组成，仅派1艘老式驱逐舰或小型舰艇担任警戒，这同北大西洋的庞大护航运输队简直不能相比。日军轻视为运输队组织护航的理由与英国二十世纪16年下半年以及30年代的想法颇为相似。就算经历过了先期和美国的战斗，但因为时间尚短，美国潜艇也未把日军的运输队打疼。日本军方在和中华对战之初。对此关注不高。
很重要的亮点，第一，盟军低估了中华潜艇部队对日军的潜在威胁。第二，日军把护航体制视为防御性的手段，而日本的海军和陆军都一味主张进攻，很不重视防御性的行动。
与日军相反。中华认为，为运输队组织护航可为消灭敌人潜艇提供最好的战机，这是一种防御和进攻相辅相成的作战形式。既然日军认为护航任务是防御性的，这种护航行动就难以得到联合舰队司令部的支持。
联合舰队不同意派舰队驱逐舰临时遂行护航任务。在联合舰队看来，遂行护航任务即使是临时性的，也是同海军舰艇的基本使命背道而驰的。因此，护航舰艇难以得到加强和补充。
日军虽然建立了护航组织。可是，最高统帅部依然念念不忘要尽可能保持单艘船只运输的灵活性，而不在大型运输队的周围设置一个强大的警戒舰艇幕。这种企图两面兼顾的作法却事与愿违，无论对保护运输船，还是对消灭潜艇都是无效的，潜艇能够轻易地避开单艘护航舰艇。
如果日军有一支由5-6艘警戒舰艇和30-50艘运输船只组成的护航运输队，那么，就可以在既不降低运输能力。又不增加护航舰艇的情况下，更有效地保障运输队的安全。此外，由多艘军舰组成的强有力的护航舰艇群，与单艘护航舰只相比，肯定会对来袭的潜艇造成大得多的威胁。
到了中兴十六年2月，在美国的帮助下，日军终于设立了海上护航总司令部。较大规模地采取护航措施。然而，中华的潜艇部队这时已开始采用狼群战术与之对抗。尽管盟军的护航运输队还有许多弱点，但编入护航运输队的船只比单独航行的船只少损失百分之六十以上。
而且，中华国潜艇被盟军护航运输队的护航舰艇击沉的。比被巡逻舰艇、飞机、水雷等兵器击沉的多。由此可见，如果日军更早一些而且更加有力地采取护航措施，就会大大削弱中华国潜艇的战斗能力。
至此以来，日军在海上的大部分船只都能得到某种形式的护航了。鉴于日护航运输队的规模较小，中华潜艇实施突击的“狼群”一级不超过3艘潜艇，以便在战斗中保持密切协同。
最初，实施这种狼群战术的方法是2艘潜艇分别在护航运输队的两侧占领攻击阵位，第3艘潜艇在敌人后面，准备袭击受伤的舰船，但是，要想对来去匆匆的护航运输队准确地占领这样的攻击阵位是非常困难的。
因此，战斗活动教令规定，潜艇为占领适宜的阵位可以随机应变。中华潜艇艇长们堪称为水下战斗的专家，他们既能昼夜实施攻击，也能在不同深度上从各个舷角进行攻击，其中包括从目标正前方和正后方这种困难的舷角进行攻击。因此，潜艇的战绩迅速扩大。
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